La historia de Moraime se remonta a épocas anteriores al cristianismo. En las excavaciones realizadas por Manuel Chamoso Lamas en el año 1972 en la finca ubicada al sur del actual templo se descubrieron estructuras y objetos que corresponden a diferentes momentos históricos. Los más antiguos son romanos, pero también se descubrieron otros de origen visigodo.
De la fundación del antiguo monasterio benedictino carecemos de datos, pero sus orígenes podrían remontarse al siglo XI. La primera documentación sobre el mismo data del año 1095.
Moraime sufrió los ataques de la piratería normanda y musulmana. La iglesia primitiva fue destruida por los almorávides, según un documento del rey Alfonso VII, que pasó unos años de su infancia en este monasterio, protegido por Pedro Froilaz, de la familia noble de los Traba.
El monarca en este documento reconoce el estado ruinoso del templo y muestra la intención de restaurarlo y ofrecerle todo lo necesario para mantener la comunidad monástica. A partir de este momento será cuando se levante la iglesia y el monasterio.
La decadencia de este centro religioso comienza a partir del siglo XIII, cuando la familia de los Traba pierde poder y la pequeña nobleza local comienza a apoderarse de las propiedades y rentas del monasterio.
A finales del siglo XV se incorpora a San Benito de Valladolid y en el siglo XVII pasará a depender de San Martiño Pinario de Santiago. A comienzos de este siglo ya no había monjes y el edificio se estaba arruinando, según nos relata el cardenal Del Hoyo.
Tanto la iglesia como la casa rectoral, situada a su lado, edificada a mediados del siglo XVIII, fueron declaradas en 1972 Conjunto Histórico-Artístico.
La actual iglesia es el único vestigio que queda del antiguo monasterio. Se trata de un edificio románico, de planta basilical, formado por tres naves y tres ábsides.
Si observamos el exterior de la iglesia apreciamos el pronunciado desnivel que hay entre la fachada principal y la cabecera. Por eso, para acceder al interior del templo, tenemos que descender dos tramos de escaleras.
En la cabecera de la iglesia sobresalen los tres ábsides. El central de mayor altura y forma rectangular, y los laterales semicirculares. Los canecillos de todos ellos están decorados con motivos geométricos o vegetales.

En el muro norte sobresalen los contrafuertes unidos por arcos de medio punto, de influencia compostelana. Adosada a este muro se encuentra la sacristía, construida posteriormente.
En el muro sur destacan los contrafuertes de tamaño y altura desigual y la esplendorosa puerta románica “descubierta” hacia el año 1975. Se compone de tres arquivoltas con arcos de medio punto. Las dos interiores se apoyan en columnas arrimadas, y la exterior lo hace sobre el propio muro. Columnas y plintos están profundamente decorados a base de motivos geométricos y vegetales. Por el contrario, los capiteles se decoran con figuras de animales o humanas. Resulta difícil su identificación debido al mal estado de conservación.
En el tímpano se representa la Última Cena, con Jesucristo en el centro en actitud de bendición, acompañado de siete apóstoles. En la parte interior de este mismo tímpano aparece esculpido un Agnus Dei.
La fachada, protegida por un pórtico de construcción más tardía, se compone de tres arquivoltas de medio punto que reposan sobre columnas arrimadas. Todo el conjunto está densamente decorado. En cada columna aparecen representados dos personajes, a manera de estatua-columna de influencia compostelana. Los capiteles se decoran con motivos vegetales.
En el tímpano se muestran siete figuras enmarcadas en arcadas de medio punto. El central lleva un báculo en la mano izquierda, y con la derecha da la bendición. Podría representar a San Xulián y sus discípulos, o San Bieito y miembros de su orden.
El tímpano está enmarcado por tres arquivoltas de medio punto. Cada una de ellas decorada con figuras de trazo rústico y esquemático.
La elevada torre campanario del lado sur data de finales del siglo XIX, aunque su forma parece la de un campanario barroco.
En el interior, tanto el arco triunfal como los de entrada a los ábsides laterales son de medio punto y doblados. Las tres naves se dividen en cinco tramos a través de pilares de sección cuadrangular con semicolumnas arrimadas en cada uno de sus lados. Sobre las semicolumnas se apoyan los arcos formeros y los arcos fajones que arrancan a mayor altura. Los capiteles presentan una gran riqueza ornamental a base de motivos vegetales.

En el muro norte se muestran las excelentes pinturas góticas del siglo XV, en las que se representan escenas de los siete pecados capitales y de la muerte, descubiertas en la década de los años setenta del pasado siglo y restauradas en el 2018.